Ada 3 fase nyata untuk memastikan proses PCR : geometric atau exponential amlifikasi,linear amplifikasi, dan plateau region. Selama exponential amplifikasi, mereka memiliki tingkatan tinggi di dalam ketepatan dari hasil produksi baru dari PCR. Plot dari siklus jumlah versus scala log konsentrasi DNA akan menghasilkan hubungan yang linear selama phase exponential dari PCR amplifikasi.
Fase dari linear amplikasi akan diikuti phase exponent satu atau lebih komponen yang jatuh di bawah kritikan konsentrasi dan effisiensi amplikasi yang lambat didalam kenaikan aritmatika dibandingkan phase exponential dalam geometric. Sejak komponen-komponen seperti dNTPs atau primer dapat digunakan dalam reaksi yang memiliki perbedaan yang tajam,phase linear sudah tidak lagi tepat dari satu contoh ke contoh dan juga sudah tidak berguna di dalam perbandingannya.
Fase akhir dari PCR adalah plateau region adalah akumulasi dari produk PCR yang lambat untuk menghentikan banyaknya ragam komponen yang dapat diraih dalam penilaian akhir dari keefektifannya. Tanda fluorosent yang diteliti didalam fase plateau akan keluar.
Tempat yang optimal dalam mengukur fluorosent versus siklus jumlah adalah pada fase exponential PCR dimana hubungannya antara jumlah produknya dan DNA yang masuk akan lebih konsisten.
