Untuk mendapatkan keseimbangan yang baik untuk reaksi PCR multiplex dengan beberapa hasil produknya memiiliki hampir banyak persamaan. Dengan penyebaran luas yang ada yang besifat kotak, laboratorium forensic jarang menciptakan PCR yang optimal pada percobaannya lagi.PCR menghasilkan lapangan dalam bentuk puncak ujung STR dengan hasil yang optimal pada temperature 2’C dan 4’C lebih tinggi dan rendah.
Perkembangan efisiensi PCR multiplex reaksi harus di rencanakan yang baik dan test yang banyak dan usaha dalam desain dan keseimbangan reaksi-reaksi antar komponen. Interval parameter siklus suhu mencakup suhu dan perpanjangan waktu sering diperiksa dalam protocol akhir. Konsentrasi primer adalah factor terbesar dalam reaksi PCR multiplex dalam menentukan lapangan beberapa amplicon. Percobaan berulang dan titrasi primer biasanya memberikan hasil yang optimal. Konsentrasi magnesium chloride dan deoxynucleotide triposphates secara khas akan meningkatkan secara tajam relatif untuk reaksi singleplex. Evaluasi terus-menerus akan menampilkan dari multiplex yang meliputi tambahan dan pemindahan set primer untuk melihat jika keseimbangan keseluruhan tujuan amplifikasi dipengaruhi.
