Sensitifitas PCR mengharuskan kewaspadaan tetap terjaga di laboratorium untuk mencegah kontaminasi yang dapat mempengaruhi hasil DNA typing. Reaksi kontaminasi PCR selalu sangat diperhatikan karena teknik ini sangat sensitif sekali terhadap sejumlah kecil DNA lain. Orang yang menentukan reaksi PCR dapat dengan tak hati-hati menambahkan DNA-nya kepada reaksi PCR tersebut jika ia tidak hati-hati. Demikian juga, polisi atau teknisi ‘crime scene’ yang mengumpulkan bukti dapat mencemari contoh jika kepedulian yang sesuai tidaklah diambil. Karena alasan ini, masing-masing potongan dari bukti harus dikumpulkan dengan penjepit bersih atau dengan sarung tangan yang disposable.
Untuk membantu penemuan dari pencemaran laboratorium, semua pekerja di dalam lab forensik sudah terekam genotype dari DNA-nya dalam suatu catatan untuk menghindari pencemaran profil DNA. Ini sering dilakukan sebagai elemination database staff. Personil laboratorium harus memakai jubah yang sesuai selama interaksi dengan sampel selama test PCR ( Rutty et al. 2003). Mencakup jas laboratorium, sarung tangan seperti, facial masks, dan hairnets untuk mencegah sel kulit atau rambut jatuh ke tabung amplifikasi. Tindakan pencegahan ini penting terutama ketika bekerja dengan sejumlah sampel benda paling kecil atau yang telah hancur.
Beberapa tips untuk menghindarkan pencemaran dengan reaksi PCR di laboratorium meliputi:
· Sebelum dan sesudah memproses sampel PCR harus secara fisik dipisah. Biasanya tempat atau wadah cabinet digunakan untuk mennyetel reaksi amplifikasi PCR.
· Peralatan, seperti pipet, dan reagen untuk PCR harus dijaga terpisah dengan alat atau bahan lain di laboratorium, terutama bahan atau alat untuk menganalisis PCR.
· Memakai sarung tangan disposabel (sekali pakai)
· Pipet aerosol-ressistant harus digunakan dan harus diganti setiap sampel baru untuk mencegah kontaminasi silang dalam pemindahan bahan dari pipet tersebut.
· Reagen harus benar-benar terjaga dari kontaminasi DNA atau nuklease apapun
· Iradiasi ultraviolet laboratorium PCR jika sedang tak digunakan dan membersihkan alat-alat atau perabot dengan isopropanol dan/atau larutan cuci 10% dapat membantu menghilangkan molekul DNA asing sebelum PCR setup dilakukan. (Kwok and Higuchi 1989, Prince and Andrus 1992).
Produk PCR dapat memindahkan hasilnya dari amplifikasi DNA contaminating yang tadinya belum diamplifikasi. Karena amplifikasi DNA beberapa kali lebih pekat dibanding susunan DNA yang belum di amplifikasi, dapat terkopi atau tersisip selama PCR dan sampel yang tadinya belum di amplifikasi menjadi tak murni lagi. Adanya transfer secara tak sengaja atau bahkan volume sejumlah kecil dari amplifikasi PCR yang telah selesai dengan sampel DNA yang belum di amplifikasi dapat menghasilkan amplifikasi dan deteksi dari adanya ‘contaminating sequence’. Untuk alasan ini, sampel barang bukti diproses oleh laboratorium forensik DNA untuk melihat adanya sampel suspek referensi untuk menghindarkan adanya kemungkinan kontaminasi barang bukti dengan suspek DNA yang teramplifikasi.
Pipet harus digunakan untuk sekali pakai. Bahkan droplet sekecil apapun dari produk PCR yang tertinggal di pipet dapat mengandung miliaran copy dari ‘amplifiable sequence’. Untuk perbandingan, satu nanogram dari DNA genom manusia mengandung sekitar 300 copy dari ‘single-copy DNA markers.
