Pengawasan digunakan untuk menilai keefektifan dari pemilihan kondisi eksperimental dan atau teknik eksperimen. Pengawasan yang tipikal berupa pengawasan negatif yang mana seluruh reaksi PCR gabungan tanpa kerangka DNA lainnya. Pengawasan negatif biasanya terdiri dari air atau bufer dari volume sama pada kerangka DNA, dan sangat berguna untuk menilai apakah komponen PCR lain telah terkontaminasi dengan DNA. Ekstraksi kosong juga berguna untuk menilai reagen yang digunakan untuk ekstraksi DNA adalah bersih dari kerangka DNA asing lainnya.
Pengawasan positif adalah indikator berharga apakah dari komponen PCR telah gagal atau tidak selama reaksi susunan fase dari tingkat eksperimen. Standar kerangka DNA dari rangkaian yang diketahui dengan kualitas DNA yang bagus harus bisa digunakan untuk pengawasan positif. Kegunaan dari pengawasan positif adalah untuk memastikan bahwa reaksi komponen dan parameter pengatur suhu adalah bekerja untuk penjelasan sebuah bagian spesifik dari DNA.
