DNA polimerase biasa memperlihatkan beberapa aktivitas di bawah temperatur optimal, di mana untuk Taq polimerase adalah 72oC. Demikian primer bisa menguatkan non spesifik terhadap kerangka DNA pada suhu ruangan ketika reaksi PCR sudah bekerja dan produk non spesifik mungkin berhasil. Ini juga mungkin pada suhu rendah untuk primer mengikat produk lain yang di kenal ”dimer primer”. Hal ini merupkan masalah khusus karena ukuran kecil pada produk PCR dalam arti akan menjelaskan dahulu.
Waktu suhu rendah non spesifik dasar terjadi, produk yang tidak diingini ini akan dengan efisien menjelaskan keseluruhan siklus PCR kembali sebab pada polimerase sibuk menjelaskan produk yang bersaing ini, target bagian DNA akan dijelaskan kurang efisien. Jika ini terjadi, kamu akan kehilangan apa yang ingin dicari dan tidak memiliki cukup DNA spesifik untuk menjalankan test lain.
Panas mengawali PCR bisa menunjukkan dengan memperkenalkan komponen reaksi yang kritis seperti polimerase, setelah suhu pada sampel akan dinaikkan dengan menguatkan temperatur tsb. Barangkali lebih penting adalah tabung sampel harus dibuka pada saat siklus suhu untuk memperkenalkan komponen esensial, di mana memberikan kesempatan yang lebih besar untuk kontaminasi silang di antara sampel. Pembahasannya pada sesi lain, bentuk modifikasi dari Taq DNA polimerase akan ditingkatkan yang membutuhkan aktivasi suhu dan memungkinkan tabung panas tertutup mengawali PCR, enzim ini dinamakan AmpliTaq Gold, yang memiliki mutu yang besar pada PCR.
