Keuntungan dari amplifikasi PCR termasuk :
· Dengan jumlah yang sedikit dari susunan DNA dapat digunakan seperti halnya satu sel yang kecil
· Adanya degradasi DNA menjadi fragmen-fragmen hanya beberapa ratus pasang dapat juga digunakan untuk amplifikasi
· Banyaknya angka copy dari urutan DNA yang spesifik dapat di amplifikasi secara simultan dengan reaksi multiplex PCR
· DNA kontaminan, seperti jamur dan bakteri, tak dapat teramplifikasi karena hanya digunakan yang spesifik untuk manusia saja.
· ‘Commercial kits’ sekarang sudah avalable untuk simpel reaksi PCR dan amplifikasinya.
Kerugian potensial dari PCR termasuk :
· Target dari susunan DNA dapat tak teramplifikasi dengan adanya atau munculnya penghambat PCR pada DNA yang telah di ekstrak.
· Amplifikasi dapat gagal jika terjadi perubahan urutan pada primer-binding pada susunan genom DNA
· Kontaminasi dari sumber manusia lain selain dari barang bukti forensik tersebut atau kontaminasi sampel DNA teramplifikasi yang tak hati-hati oleh petugas laboratorium forensik.
